一是對SSL證書的管理問題。企業存在云端的數據、信息，不是固定不動的，根據實時需求，需要彼此進行傳輸，或者在本地與云端之間進行流動，為了保證這種流動的安全性，SSL證書是必不可少的。SSL加密是云計算的基礎，一旦選擇了云計算，企業就必須掌握有效管理SSL證書的方法。而很多私有云的使用者都表示，管理SSL證書是一項十分復雜的工作;公有云用戶的情況也不樂觀，他們并不能確定自己服務商的SSL證書管理是否達到了要求。

二是云中數據管理效率低，浪費存儲空間。云存儲的原則是使用多少空間則支付多少費用，理論上來說，降低成本的途徑是高效管理數據，保證云中數據的價值性。實際情況是，云存儲的數據使用率很低，平均還不到20%，云中數據的重復率也很高，占用了不必要的空間。

三是云端數據的備份和事故后的恢復問題。數據進入云存儲器，并非進入了無堅不摧的保險箱，事實上保險箱都有被攻破的可能。但是很多企業在進行云遷移時，并沒有認真考慮過數據備份，超過50%的企業都有數據丟失情況，而這些丟失的數據，大部分都恢復失敗，造成很大的損失。

一般而言，企業將業務遷移到大的云服務商平臺，技術上是絕對有保證的，但不能排除突發性自然災害造成的基礎設施損害，而這種物理性丟失造成的影響往往很惡劣，即使亞馬遜這樣的大牌服務商，也不能幸免。

對于一個初涉云計算，想構建私有云的企業，IT從業人員缺少經驗，操作失誤，也易導致成本增加。常規虛擬化技術和云計算相關，但由不同的技術架構、成本結構以及操作模式組成，這點往往成為企業高層的管理盲區，致使人員的培訓不足。在后期轉化服務器虛擬化時，這個弊端就會顯現出來。

從構成來看，以上隱性成本都可以通過企業加強技術訓練或者優化管理來規避，關鍵在于管理者的重視度不夠，所以不得已為之付出昂貴代價。