現階段存在的問題主要有：

認識問題

認識是第一位的，沒有認識提高就不可能產生行動上的積極性，當然也就不可能取得較好的效果，不少人沒有認識到信息系統能把企業管理得井井有條，可以為領導提出很有價值的輔助決策信息，而且在速度和準確方面比人做得更好。

高層對企業信息化的認識不夠正確和充分

有些條件較好的企業滿足于眼前的狀況，認為不提高信息化建設，企業照樣能搞好，因此，對企業的信息化建設重視程度不夠。有些企業的高層領導在企業信息化初期，對信息技術抱較高期望，希望通過企業信息化獲得較高效益，結果一旦看到投資費用增多，而效益又未見明顯提高便喪失信心。高層領導不能用長遠眼光來看待問題，急功近利，不利于信息化建設的繼續發展。

一部分管理人員在長期的管理實踐中有豐富的經驗，他們往往看重自己的主觀認識，抱殘守缺，不愿意主動分析吸收新的管理方法和先進的管理手段，信息化對他們的地位構成巨大的威脅;積極倡導者由于傳統習慣思維，繼續沿用過時的管理思想或過時的管理手段，需要學習的不是簡單的操作方法，而是獲得分析、決策信息的管理理念;專業技術人員正由于現代技術的不斷增長的復雜性變得越來越狹窄，面對在總體上缺乏協調和相互聯系，系統在宏觀上處于支離破碎的局面而影響了總體效益的現實，技術人員處于多種制約和局限性中不能自拔。

在組織的戰略制訂中產生兩個極端：將信息系統視為組織的戰略目標;將信息系統獨立于組織戰略之外

一方面，組織錯誤地將信息系統看成組織的戰略目標。于是大量的時間、精力、對策花在如何使這一“目標”的大致完備，信息的投入變本文來源于文秘知音網站得越來越龐大，而組織并未獲得實現公司戰略要求的在保持規模和效益的前提下應對未來挑戰的靈活性和快速反應能力，甚至于一些公司陷入了經營困境。

另一方面,信息系統的應用與組織的管理戰略之間出現諸多不協調的發展,產生單項應用多,而缺乏整體效益。雖然在計算機管理信息系統開發和應用實施方面作了大量工作,花費了大量的資金,在單項應用上取得了一定成效,但沒有產生應有的經濟效益，相反地構筑了無數個“信息孤島”,沒有實現信息的交流和共享,產生的卻是巨大的負效益,使組織承受高額的風險代價。

實際上,從管理的角度來看,信息技術的應用應該是用來滿足管理的需要,信息技術也將提高管理水平;從技術角度看,管理要納入信息系統的規范運作,先進的管理思想不斷融入信息系統中。

中小企業信息化在實施中充滿艱辛

實施一套信息系統是一項涉及面廣、周期長、風險大的系統工程。中小企業要實施信息化,同樣要投入大量的人力、物力和財力,要引進和留住高級IT人才很困難,不易具備建立企業信息系統項目組的條件,缺乏完備的項目管理體制和運作機制,沒有管理顧問對項目進行監理,這些都是影響項目成功的關鍵。

信息技術的低層次應用和不飽和應用

企業因為某一方面的應用需要而購買一套功能無所不包的信息系統,但由于自身的使用水平跟不上信息技術的發展,信息系統的功能還未得到利用。這種情況有時并不是因為企業的盲目購買,而可能是因為供企業挑選的余地不大,或是企業出于前瞻性考慮。問題則在于任何那些未被使用的功能都處于快速貶值狀態或已經成為沉沒成本。

企業信息化過程中的管理重組落后

信息化建設的實質是為了提高企業競爭力而進行的更高層次上的管理重組,我國大多數企業投入較多資金進行信息化建設,更多的是注重設備上的投資和技術上的更新,而忽視了與此相應的管理模式方式上的轉變,因而,并未取得投資回報，甚至出現負效益，這是企業信息化建設不成功的一個主要原因。

信息資源基礎不能適應建設需要

有的企業信息資源基礎不統一、不一致。信息采集渠道較單一，缺少靈活性，使得信息來源不夠全面，傳輸渠道不夠暢通，更難以對采集的信息