1、管理職能尚未得到充分發揮。

會計電算化發展初期側重核算職能，隨著發展的深入，逐步過渡到“管理型”和“決策型”職能階段，當今與企業整體管理決策支持系統相統一的ERP階段是會計電算化發展的一個主流趨勢。但現階段，我國的企業中采用“管理型”和“決策型”財務軟件的較少，采用ERP的企業就更少。

2、政策、法規尚待完善。

我國財政部在1994年相繼頒布《關于大力發展我國會計電算化事業的意見》、《會計電算化管理辦法》、《會計核算軟件基本功能規范》、《會計電算化工作規范》等文件，但由于規章的級別和執法力度不夠，致使相當部分的會計人員根本就不知道法規的具體內容，發生的違法違規行為也缺乏相應的監督監管條例和專門的監管部門。

隨著會計電算化的高速發展，會計電算化犯罪也逐漸顯現，如何防范和規治這種高科技、新技術新型犯罪成為我國普及電算化進程中不應忽視的一個問題。國家有關部門應引起重視，制定專門針對會計電算化操作的法律法規，對會計電算化工作有規范，有監督，有懲處，使之早日納入法制軌道。

3、操作人員素質亟待提高。

會計電算化作為一門涉及計算機學、管理學、會計學、信息學多個學科的應用技術，對實際操作人員的業務水平要求較高，既要有良好的會計素養，深刻理解電算化軟件處理賬務的原理，又要熟練掌握計算機基本操作。但現在的實際情況是，大多數單位的電算化人員是由過去的會計人員經過短期培訓上崗的。他們年齡結構偏高，往往對會計業務較熟悉但對計算機知識接受較慢，對軟件的掌握僅停留在簡單操作階段。一旦計算機出現故障，常常會束手無策，就更難涉及進一步的系統分析、設計、維護等復雜的工作了。所以要想充分發揮會計電算化的優越性，發揮會計電算化的省時高效的優點，就不僅要培養操作人員的會計業務素質，而且要培養軟件維護、分析技能，培養會計、計算機跨領域的“雙精”人才。

4、網絡化程度有待提高。

目前我國會計電算化網絡化已經取得初步進展，比方說企業已可以實現網上報稅，申報信息通過IC卡無紙化傳遞，但仍要看到，企業和企業之間無法聯網，企業與財政、銀行等綜合管理部門的聯網也尚需完善。可以說，建立一套服務于企業，惠及全社會的財務信息傳輸網絡，提高數據發布的及時性，節約中轉成本，成為當前會計電算化發展的當務之急。

5、安全、保密性差。

現今的會計電算化處理系統大多還存在一些漏洞，致使企業財務信息系統的安全性、保密性、可靠性較差。眾所周知，財務數據是一個企業的商業機密，竊取它或將威脅一個企業的生存和發展。程序在現階段還存在著一些保密隱患。數據庫技術的高度集中，未經授權的人員可以通過計算機和網絡瀏覽全部數據文件，復制、偽造、銷毀企業重要的財務數據。目前市面上的軟件制造企業真正著力于研究數據保密、防盜竊問題的廠家寥寥無幾。一般意義上的加密，也無非是對軟件本身的加密，防止盜版。