在信息化建設的實際工作中，各集團信息技術部門積累了豐富的實踐經驗，對于當前的不足之處也有著清醒的認識。由于各集團具體情況不同，信息化建設的目標和側重點不同，遇到的主要問題也不盡相同。 中國出版集團公司科技與數字出版部主任周清華認為，集團各成員單位信息化水平不一致和信息化標準的不統一是必須解決的主要問題，此外，集團各成員單位的信息化建設人員也較為缺乏，信息系統建設的關鍵是人員建設，熟悉業務、精通技術的人員有待于逐步培養。 長江出版傳媒股份有限公司數字出版與信息化部部長程國重也把著眼點放在集團內部，股份公司成立不久，各子（分）公司系統在信息交換與共享上存在一定的問題。各子（分）公司在系統建設周期、建設范圍不太一致，應用程度不深、標準不一，數據分散，系統相互獨立，信息孤島與信息煙囪情況不同程度地存在，信息化支撐管理與指導經營決策的作用不明顯。通過信息系統運行一段時期后，程國重發現，各子（分）公司對信息系統的后期維護與管理的程度也很不一致，而后期建設過程還會面臨因深化改革所帶來的信息管理邊界不確定、后期經費投入以及人才隊伍建設等問題。 管理問題也是集團信息化建設中較為突出的難題。