1950年8月，原燃料工業部在北京召開了第一次全國水力發電工程會議，提出有計劃、有步驟地發展我國水電事業的方針任務。

1951年3月，新中國成立后第一座新建的水電站——福建古田溪一級水電站開工。

1953年，水利部設置了小水電的專管機構。

1956年1月，中共中央政治局和最高國務會議討論通過的《全國農業發展綱要》中明確提出：“凡是有水源可以利用的地方，基本上做到每個鄉或幾個鄉建設一個水力發電站，結合國家大型的水利建設和電力工程建設，逐步實現農村電氣化。”

1958年8月，全國第一次農村小水電會議在天津召開，提出“以小型為主，生產為主，社辦為主”的建設方針，并倡議一個省先抓5個縣和100個鄉的農村初步電氣化。

1969年10月，在福建永春縣召開全國小水電現場會，小水電開發被正式列入國家計劃。

1975年，水電部(75)水電生字第27號文中明確提出：“在電網供電區和電網鄰近地方的小水電，在符合經濟、安全運行的條件下，在自發自用的基礎上聯入電網，實行余缺調劑。”

1980年4月，經國務院批準，水利部、中國人民銀行和中國農業銀行在成都共同召開了全國小水電現場會議，提出：“應繼續執行對小水電‘誰建、誰管、誰有、誰受益”的政策，在體制上實行‘建設和管理統一，發電和供電統一’的原則。”

1983年12月，國務院批轉水電部《關于積極發展小水電建設中國式農村電氣化試點縣的報告》，除明確了100個試點縣名單外，還對發展小水電的有關政策和管理體制等方面工作進一步明確。

1991年3月，國務院批準水利部《關于建設第二批農村水電初級電氣化縣的請示》，對第二批選定建設的200個農村水電初級電氣化縣，要求有關部門在資金和技術等方面給予資助和指導，到1995年10月，第二批208個農村水電初級電氣化縣勝利建成。

2005年7月，《國務院2005年工作要點》(國發[2005]8號)指出：“完善資源開發利用補償機制和生態環境恢復補償機制，加快發展小水電代燃料及農村沼氣。”

2011年中央“一號文件”明確提出，在保護生態和農民利益前提下，加快水能資源開發利用，大力發展小水電，完善小水電增值稅政策。

2016年中央“一號文件”明確提出，加快實施農村電網改造升級工程，開展農村“低電壓”綜合治理，發展綠色小水電。

2017年6月，水利部印發了《水利部關于開展綠色小水電站創建工作的通知》(水電〔2017〕220號)，決定在全國開展綠色小水電站創建工作。

2017年8月5日，《綠色小水電評價標準》正式實施。

2017年12月，水利部公示了“2017年度綠色小水電站”名單，共有44座水電站入選，這是全國公示的第一批“綠色小水電站”。