《辦法》規定，對實施生態改造或調整運行方式的水電站，將根據生態流量落實情況，對水電站上一年度非市場化交易電量實行電價獎懲管理。水電站落實生態流量，分為改造類和限制類兩種。改造類是指實施生態改造或增設生態機組的水電站。限制類是指通過改造后仍達不到最小生態下泄流量要求的，采取調整運行方式或季節性限制運行的水電站，確保河道生態流量。 

　　此外，《辦法》通過設置詳細的分檔生態電價，做到有獎有懲，充分調動水電企業的積極性，促使企業自覺認真地落實生態流量，走向制度化、規范化的管理模式。對改造類或限制類的水電站，在落實最小生態下泄流量后，根據上一年監管考核情況，分類執行生態電價。水電站上一年最小生態下泄流量監控數據完整率和達標率達80%（含）以上的，實行生態電價獎勵。其中，完整率和達標率高于或等于90%的改造類水電站，上一年的上網電量（非市場化交易電量）對應的上網電價在原上網電價基礎上每千瓦時加價2分錢；限制類加價3分錢。完整率和達標率為80%-90%（不含）的，改造類水電站上網電價加價1分錢；限制類加價1.5分錢。水電站上一年最小生態下泄流量監控數據完整率和達標率在60%（不含）以下的，最高給予每千瓦時3分錢的生態電價懲罰。 

　　為避免“一刀切”，確保政策有效落實，《辦法》實行差別化考核，對于因防汛抗旱、應急調度等需要，或因遇地震、臺風、暴雨等不可抗拒原因造成無法執行生態流量的情況不列入考核。同時，主動公示考核結果，要求相關部門每年1月31日前確定水電站考核結果及季節性限制運行情況，并在10個工作日內向社會公示。