水利部門的改革，是職能調(diào)整比較頻繁的，單從9月份水利部的“三定方案”來看，水利部的職能是負責(zé)保障水資源的合理開發(fā)利用，負責(zé)生活生產(chǎn)經(jīng)營和生態(tài)環(huán)境用水的和保障，負責(zé)節(jié)水、水資源保護、水利設(shè)施建設(shè)、農(nóng)村水利水電工作和水事協(xié)調(diào)、水政監(jiān)察、水政執(zhí)法工作。(水資源管理工作幾經(jīng)周折，算是保留在了水利部門。)在此次機構(gòu)改革之前，水利部門就一再瘦身，漁業(yè)、海洋水產(chǎn)等職能相繼被劃出去，供排水改制為企業(yè)經(jīng)營。

此次改革中，又將農(nóng)田水利劃歸農(nóng)業(yè)農(nóng)村部，防汛抗旱劃歸應(yīng)急管理部，水資源調(diào)查登記劃歸自然資源部，編制水功能區(qū)劃拍、排污口設(shè)置管理、流域水環(huán)境保護劃歸生態(tài)環(huán)境部，風(fēng)景名勝區(qū)劃歸國家林草局。同時，將三峽工程建設(shè)委員會及其辦公室、南水北調(diào)工程建設(shè)委員會及其辦公室并入劃歸水利部，與新設(shè)的調(diào)水管理司配合開展工作，水利部下設(shè)司局也由原來的17個增加到22個。

目前，省級黨政機構(gòu)改革方案已經(jīng)有29個省市自治區(qū)獲批執(zhí)行，水利廳的設(shè)置與職能和部委保持一致。市縣水利部門，也會根據(jù)省廳職能進行設(shè)置。縣一級水利局是行政部門，下設(shè)好幾個二級事業(yè)單位，包括水政監(jiān)察大隊、水利建設(shè)管理所、水庫管理所、抗旱防汛服務(wù)隊、水質(zhì)檢測中心、水利工程質(zhì)檢安監(jiān)站等。

新一輪黨政機構(gòu)改革和事業(yè)單位分類改革中，抗旱防汛職能劃轉(zhuǎn)到應(yīng)急管理部門，相應(yīng)抗旱防汛服務(wù)隊撤銷;行政類職能劃歸水利局機關(guān)承擔(dān)，水利工程質(zhì)檢安監(jiān)站撤銷;行政執(zhí)法職能實行綜合改革，水政監(jiān)察大隊撤銷。機構(gòu)撤銷后，按照“編隨事走、人隨編走”的原則，行政執(zhí)法人編統(tǒng)一整合到綜合執(zhí)法中心，但是抗旱防汛、質(zhì)檢安監(jiān)事業(yè)人員卻很難隨職能劃轉(zhuǎn)到行政機關(guān)，主要原因是行政編制短缺，不能提供足夠的行政編制進行置換，機關(guān)也不允許存在事業(yè)編制，出現(xiàn)混編現(xiàn)象。

職能劃轉(zhuǎn)后，水利局機關(guān)保留的水利建設(shè)、節(jié)水用水保障以及增加的水事協(xié)調(diào)等公益服務(wù)職能及機構(gòu)暫時保留，將按照機構(gòu)精簡原則，統(tǒng)一整合成立水利綜合服務(wù)中心，或者參與縣區(qū)事業(yè)單位改革，按職能跨領(lǐng)域整合。因此，原來承擔(dān)抗旱防汛和質(zhì)檢安監(jiān)職能的人員，只能和水利建設(shè)、節(jié)水用水保障、水事協(xié)調(diào)等職能的人員一起，保留在事業(yè)單位，隨職能進行整合。水質(zhì)檢測中心的職能屬于公益二類，和各水庫管理一樣，剝離公益服務(wù)職能，改企經(jīng)營，正式職工分流，合同制人員隨企改制。

鄉(xiāng)鎮(zhèn)機構(gòu)改革，隨縣局進行職能轉(zhuǎn)換，各鄉(xiāng)鎮(zhèn)水利工作站繼續(xù)保留，受鄉(xiāng)鎮(zhèn)與縣水利局雙重管理。鄉(xiāng)鎮(zhèn)的水利灌區(qū)也是公益二類事業(yè)單位或者自收自支，公益服務(wù)職能合并到水利站，然后改企經(jīng)營，正式職工分流到水利工作站，或者鄉(xiāng)鎮(zhèn)其他事業(yè)單位，合同制員工隨企改制。